- Brain Connectivity Center (BCC)
- Center for Genetic Therapeutic Approaches (GenTher Center)
- Centro di Medicina del Sonno (CMS)
- Centro di Ricerca Interdipartimentale per la Malattia di Parkinson (CRIMP)
- Centro di Ricerca Interdipartimentale per la Sclerosi Multipla (CRISM)
- Clinical Trial Center (CTC)
- Epinetwork (Epilessia)
- Headache Science Center (HSC)
Centri Ricerca Integrata
Dedicati a specifiche patologie, integrano competenze di ricerca clinica e pre-clinica diverse, ma tra loro complementari, presenti all'interno dei Dipartimenti della Fondazione Mondino (Centri Interdipartimentali) o anche in realtà esterne alla Fondazione, come alcuni Istituti di Ricerca dell'Università di Pavia (Centri Interaziendali).
